Хай (Hai) - "Да". Универсальное стандартное выражение. Также может значить "Понимаю" и "Продолжайте". То есть, оно совсем не обязательно означает согласие.
Хаа (Haa) - "Да, господин". Очень формальное выражение.
Ээ (Ee) - "Да". Не очень формальная форма.
Рёкай (Ryoukai) - "Так точно". Военный или полувоенный вариант.

Группа со значением "Нет"

Иэ (Ie) - "Нет". Стандартное вежливое выражение. Также вежливая форма отклонения благодарности или комплимента.
Най (Nai) - "Нет". Указание на отсутствие или несуществование чего-либо.
Бэцу ни (Betsu ni) - "Ничего".
Группа со значением "Конечно":
Наруходо (Naruhodo) - "Конечно", "Конечно же".
Мотирон (Mochiron) - "Естественно!" Указание на уверенность в утверждении.
Яхари (Yahari) - "Так я и думал".
Яппари (Yappari) - Менее формальная форма того же самого.
Группа со значением "Может быть"
Маа... (Maa) - "Может быть..."
Саа... (Saa) - "Ну..." В смысле - "Возможно, но сомнения еще остаются".